为使中药材的外部形态和有效成分在贮存期间尽量不起变化，必须了解各种中药材的性能，采取合理的保管措施，其中以防止霉变及防治虫蛀两项最为重要。
贮藏药材应根据不同种类采取不同的措施，，以保证干燥、防止霉烂，避免虫、鼠危害。贮藏期间一般以室温1 5℃至1 8℃、相对湿度在20%至50%为宜。
植物类药材容易虫蛀霉变、泛油、变色，药材应尽力防潮，应采取防潮隔湿措施，控制潮解。
根茎类药材的贮藏：这类药材干燥后需放置于通风、阴凉、低温、干燥的场所贮藏。不宜堆积过高，最好用容器盛装。夏季注意翻晒，预防虫蛀。
根类药材的贮藏：这类药材一般存放在冷凉低温的地方。雨季到来之前，可用硫磺熏蒸一次，然后晾晒，再装入容器内保持干燥。
种子、果实类药材的贮藏：这类药材在贮藏中应注意防鼠、防虫。雨季空气湿度大、温度高，要防止发霉出油。例如，郁李仁、薏苡仁、柏子仁、杏仁、芡实、巴豆、木鳖子和莲子肉等药材含淀粉、脂肪、糖类和蛋白质等成分，若遇高温则其油易外渗，使药材表面出现油斑污点，引起变质、酸败和变味。因此，此类药材不宜贮藏在高温场所，更不宜用火烘烤，而是应放在陶瓷缸、坛或玻璃缸、瓶内或金属桶内，贮藏于阴凉、干燥、避光处。
皮类、叶类药材的贮藏：此类药材经干燥加工后应打捆或用筐篓盛装，放置在通风冷凉处。对于比较贵重的品种，如桂皮等，应装入内衬铝皮的木箱，在箱内放进硅胶干燥剂，密闭贮藏。
花类药材的贮藏：花类药材贮存以能够保持其色鲜味正为原则，一般此类药物宜用木箱包装。例如，金银花每箱包装25千克，密封，使之与外界空气隔绝，夏季放进冷藏仓库效果良好。
含糖类药材的贮藏：含糖量较高的药材如白芨、知母、枸杞子、玉竹、黄精、何首乌、地黄、天冬、党参和玄参等，易吸潮而糖化发黏，且不易干燥，致使霉烂变质。因此，首先应将这类药材充分干燥，然后装入数层无毒的塑料袋内包好裹紧，放在干燥、通风而又密封的陶瓷缸、坛、罐内，再放些生石灰或明矾、干燥且新鲜的锯木屑、谷壳等物覆盖防潮。

动物类药材主要有皮、骨、甲、蛇虫躯体，它们易生虫和泛油，并且有腥臭气味。应密封保存，四周无鼠洞，并有通风设备，阴凉贮存。
贵重类药材如人参、西洋参、麝香、虎骨、熊胆、西红花、冬虫夏草，经济价值高，应严格管理，注意防虫、防霉、阴凉、通风、干燥贮藏。
毒性药材应设专人负责，严格执行管理制度，由药学技术人员负责管理，以防意外。
近年来，加工贮藏药材用的现代化设备日渐普及，化学干燥剂的应用也逐步得到推广，药材的干燥加工和贮藏方法也逐步得到改善与提高。