（1）黑斑病
　　病原菌是真菌中一种半知菌，发病初期叶尖变黄并向下蔓延，产生青、白不同颜色的水浸状病斑，后期叶片全部变黄枯死。
　　防治方法：①选用无病种苗，栽前用1：1：用倍波尔多液，或用65％代森锌可湿性粉剂500倍液浸种苗5分钟。②加强田间管理，及时排除积水。③大田发病期可割去病叶，喷1：1：100倍波尔多液，每隔10～14天1次，连续3～4次。
　　（2）根结线虫病
　　病原是圆形动物门线虫纲的一种根结线虫。主要危害根部，造成瘿瘤，使结麦冬的须根缩短，到后期根表面变粗糙，开裂，呈红褐色。剖开膨大部分，可见大量乳白色发亮的球状物，即为其雌性成虫。
　　防治方法：①实行轮作，有条件的地方可水旱轮作，避免与烤烟、紫云英、豆角、芋头、红薯、瓜类、罗汉果、白术、丹参、颠茄等作物轮作，最好与禾本科作物轮作。②选用无病种苗，剪净老根。③选用抗病品种，如大叶麦冬、沿阶草、四川遂宁麦冬。④土壤处理，可以防治。
　　（3）蛴螬、蝼蛄、金针虫、地老虎等，参见人参病虫害及其防治部分。